Résumé factions

Dans Matrix Online, le joueur pourra accomplir et se verra offrir des missions. En réalisant ces missions pour une Organisation, votre réputation avec cette Organisation évoluera. Plus vous travaillerez pour une Organisation, plus votre réputation vis à vis d'elle augmentera. Lorsque vous aurez acquis suffisamment de réputation, vous pourrez même être le capitaine de votre équipe.

Zion - Ceux qui luttent du côté de Zion et des humains. Mais avec de plus en plus de personnes quittant les pods, cette faction commence à se fissurer en plusieurs autres. Certains croient que la paix apportée par Neo doit être protégée par tous les moyens. D'autre croient qu'on ne peut avoir confiance dans les machines et se préparent secrêtement pour une éventuelle nouvelle guerre. Il en existe aussi qui croient que Neo est toujours vivant ...

Exilés - Les exilés représentent une faction plutôt hétérogène. Chacun possédant ses propres motivations, ses propres buts. Cependant on peut deviner un exilé qui semble être à la tête de ces programmes rebelles : le Mérovingien. Il représente la seconde faction.

Machines - Bien que l'on soit une pilule rouge, on peut trouver certains avantages pour travailler pour les machines. La trêve a été signée, les machines n'ont qu'une parole mais il est évident qu'elles feront tout pour ne pas faciliter l'exode en masse des pilules bleues. Elles représentent la troisième et dernière faction.